História da Paróquia se confunde com a história do município de Araquari.

O nome de  Araquari, dado em 1943, na língua tupi-guarani significa “Rio de Refúgio dos Pássaros.“ O nome foi dado em função do canal que serve de divisa entre os municípios de Araquari e São Francisco do Sul, onde em seus banhados habitavam expressiva quantidade de aves aquáticas como biguás, garças, socós, gaivotas e outros tipicamente terrestres como a araquã. Araquari teve três outros nomes antes do atual. O primeiro nome do município, foi Paranaguá-Mirim, denominação original indígena. O segundo nome foi Senhor Bom Jesus do Parati, denominado quando a criação da paróquia/freguesia em 1854. Por fim, simplesmente Parati, quando da criação da vila (município) em 3/4/1880, tendo permanecido tal denominação oficial até 1943, embora muitas pessoas de idade ainda chamem a comunidade de Parati.

Seus fundadores foram luso-brasileiros que moravam em São Francisco do Sul, interessados em explorar os recursos naturais existentes. Posteriormente desenvolvendo atividades comerciais com a Colônia alemã Dona Francisca, de Joinville, face já possuir atividades econômicas estabilizadas em torno da agricultura, coleta e pesca, impulsionaram seu desenvolvimento, atraindo inclusive parte destes colonos para seu território. O arraial de Parati pertencia à então vila Nossa Senhora das Graças do Rio São Francisco, quando foi elevada à categoria de freguesia (distrito) pela Lei Provincial n° 375, de 8 de junho de 1854, assinada pelo presidente de província, com o nome de freguesia de Senhor Bom Jesus do Paraty, com limites identificados na lei de sua criação:

“Lei n. 375 de 8 de junho de 1854.”
Faço saber a todos os seus habitantes que a Assembléia Legislativa Provincial decretou e eu sancionei a Lei seguinte:
Art. 1.° – O território compreendido entre os rios Cubatão e Itapocú no município de São Francisco, fica desmembrado da Paróquia de Nossa Senhora da Graça, para formar uma nova Freguesia, com a invocação do Senhor Bom Jesus do Paraty.

(…) Art. 2.° – Os moradores do território (…) construirão à sua custa a Igreja, que tem que servir de Matriz da Freguesia, em terrenos para esse fim doados pelo cidadão Manoel Pereira Lima e sua mulher, e também construirão a sua custa o Cemitério.
(…) Art. 3.° – A freguesia terá por limites a Norte, a margem direita do rio Cubatão, a ao Sul, a margem esquerda do Rio Itapocú, ficando o Predidente da Província autorizado a designar os limites do interior.
(…) Província de Santa Catarina, aos oito dias do mês de junho de mil oitocentos e cinqüenta e quatro, trigésimo terceiro da independência e do império.
João José Coutinho”.

A devoção ao Senhor Bom Jesus de Araquari, com mais de 150 anos de história, atrai milhares de fiéis ao Santuário no dia 06 de agosto e também nas noites da novena.
A procissão do dia 06 de agosto impressiona e emociona a todos pela grande manifestação de fé e louvor ao Senhor Bom Jesus. São várias as manifestações que se mostram na sala de milagres, nas crianças vestidas de anjos, de pessoas com velas com o seu tamanho e outras com a capa do Bom Jesus pagando promessas e agradecendo por graças alcançadas.